1955—1958年，南京博物院的考古工作者在南京鼓楼岗的北阴阳营（今南京市云南路附近）分四次发掘了一处面积约一万平方米的新石器时代遗址，在氏族公共墓地里发现的随葬品中有76枚多为玉髓、玛瑙质地的“花石子”，即雨花石。2004年在距今6000年前的溧水阳神墩遗址又发掘出5枚花石子。这些都为此推论提供了无可辩驳的证据。
东吴、东晋以及南朝的宋、齐、梁、陈共六个王朝相继在南京建都，历史上称为“六朝”（公元229—589年）。
六朝时期是历史上佛教兴盛的年代，寺院林立，相传南朝梁武帝时期，高僧云光法师在南京石子岗讲经，精诚所至，感动上苍，天降雨花，落地化作五彩石子，雨花石因此得名。
